Aplicar la PCR diagnóstica a grupos de muestras permite optimizar el uso de los reactivos
Estudiando 30 muestras agrupadas se puede detectar positividad para SARS-CoV-2 con 1 sola que sea positiva. Luego se estudian en grupos de 10 y así sucesivamente hasta identificar los positivos. Con esta técnica se logró reducir en un 75% la cantidad de pruebas en comparación con una estrategia estándar de estudiar todas en forma individual. The Lancet Infectious Diseases, 28 de abril de 2020.
La actual pandemia de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) es un desafío sustancial para los sistemas de atención médica y su infraestructura. La confirmación diagnóstica basada en RT-PCR de individuos infectados es crucial para contener la propagación viral porque la infección puede ser asintomática a pesar de las altas cargas virales. Una capacidad de diagnóstico molecular suficiente es importante para las intervenciones de salud pública, como la detección y el aislamiento de casos, incluso para los profesionales de la salud.
Los protocolos para las pruebas de ARN RT-PCR del coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) estuvieron disponibles al inicio de la pandemia, sin embargo, la infraestructura de los laboratorios de pruebas se sobrecarga y en algunas áreas se ve abrumada. Proponemos una estrategia de prueba que es fácil de implementar y puede ampliar la capacidad de la infraestructura de laboratorio disponible y los kits de prueba cuando se necesita examinar a un gran número de personas asintomáticas. Introdujimos la agrupación de muestras antes de la amplificación por RT-PCR, y solo en el caso de resultados positivos de la prueba de agrupación se inicia el análisis de muestras individuales, lo que potencialmente reduce sustancialmente el número de pruebas necesarias.
La carga viral durante la infección sintomática con SARS-CoV-2 fue investigada por Zou et al. Para analizar el efecto de agrupar muestras en la sensibilidad de RT-PCR, comparamos los valores de umbral de ciclo (Ct) de los grupos que dieron positivo con los valores de Ct de muestras individuales que dieron positivo.
Aislamos ARN de eSwabs (Copan Italia, Brescia, Italia) usando el Instrumento NucliSens easy MAG (bioMeriéux Deutschland, Nürtingen, Alemania) siguiendo las instrucciones del fabricante. La amplificación por PCR utilizó el kit RealStar SARS-CoV-2 RT-PCR 1.0 RUO (Altona Diagnostics, Hamburgo, Alemania) en un instrumento de PCR en tiempo real Light Cycler 480 II (Roche Diagnostics Deutschland, Mannheim, Alemania) de acuerdo con las instrucciones del fabricante .
Nuestros resultados muestran que en un rango de tamaños de agrupación, de cuatro a 30 muestras por agrupación, los valores de Ct de las agrupaciones positivas estuvieron entre 22 y 29 para el ensayo del gen de la proteína de envoltura (gen E) y entre 21 y 29 para el gen de la proteína espiga (S-gen) ensayo. Los valores de Ct fueron más bajos en muestras individuales positivas reexaminadas. Los valores de Ct para los ensayos del gen E y del gen S en grupos y muestras positivas individuales fueron inferiores a 30 y se clasificaron fácilmente como positivos. Las diferencias de valor de Ct entre las pruebas agrupadas y las muestras positivas individuales (muestra Ctpool-Ctpositive) estuvieron en el rango de hasta cinco. Incluso si los valores de Ct de las muestras individuales fueran hasta 34, los grupos positivos aún podrían identificarse con confianza.
Los subgrupos pueden optimizar aún más el uso de recursos cuando la prevalencia de infección es baja. Generar un grupo de 30 muestras a partir de tres subgrupos de diez muestras puede reducir las nuevas pruebas. Si el grupo grande es positivo, los tres subgrupos se vuelven a analizar y luego las muestras individuales del subgrupo positivo. En nuestros análisis del 13 al 21 de marzo de 2020, la prueba de 1191 muestras requirió solo 267 pruebas para detectar 23 individuos positivos (prevalencia 1,93%). La tasa de resultados positivos fue de 4,24% en nuestra institución durante este período.
Estos datos sugieren que la agrupación de hasta 30 muestras por agrupación puede aumentar la capacidad de prueba con los equipos y kits de prueba existentes y detecta muestras positivas con suficiente precisión diagnóstica. Debemos mencionar que las muestras únicas positivas limítrofes podrían escapar a la detección en grandes agrupaciones. Vemos estas muestras típicamente en pacientes convalecientes 14-21 días después de la infección sintomática. El tamaño de la agrupación puede acomodar diferentes escenarios de infección y optimizarse según las restricciones de infraestructura.
El estudio original:
Lohse S, Pfuhl T, Berkó-Göttel B, et al. Pooling of samples for testing for SARS-CoV-2 in asymptomatic people. The Lancet Infectious Diseases, Published:April 28, 2020DOI:https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30362-5.
Disponible en: https://bit.ly/3ciTD52