Análisis genómico de casos de variante Delta en la provincia de Córdoba y en la CABA. Reporte N°26: Vigilancia activa de variantes de SARS-CoV-2

Proyecto argentino interinstitucional de genómica de SARS-COV-2  (PAIS).Ministerio de Salud de la Nación,  Actualización al 10/08/2021.

Resumen 

Se reporta el análisis genómico de cinco casos de la variante Delta en Argentina. Dos casos corresponden a individuos de la CABA, sin nexo conocido con viajes internacionales, y tres casos corresponden a individuos de la provincia de Córdoba (caso importado de Perú y dos contactos estrechos). Todos los casos correspondieron al linaje B.1.617.2 y ninguno se asoció a sus linajes derivados AY.1, AY.2 o AY.3.

El análisis filogenético de los casos de la CABA no mostró evidencia de que pertenezcan a una cadena de transmisión común. Ambos presentaron asociación genética con diferentes secuencias de los Estados Unidos, lo cual es compatible con ingresos independientes al país.

En cambio, las secuencias correspondientes a los casos de Córdoba formaron un grupo monofilético de alto soporte, indicativo de una única cadena de transmisión y compatible con la información epidemiológica disponible.

Conclusiones

La información disponible hasta el momento indica que los dos casos detectados de la CABA se relacionaron con virus circulante en los Estados Unidos entre junio y julio de 2021, sin evidencia de que pertenezcan a una única cadena de transmisión dentro de nuestro país.

En cambio, el análisis de los casos de la provincia de Córdoba mostró una fuerte evidencia de una fuente común de infección, compatible con el registro epidemiológico de los casos.

El Consorcio Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2 continuará realizando la vigilancia molecular y el análisis genómico sobre los casos de circulación comunitaria, a fin de monitorear con rapidez la presencia y evolución de variantes de interés epidemiológico nacional e internacional.

El informe completo en https://bit.ly/3k4Rte7

Proyecto PAIS
Creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, el Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS) está conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones con el objetivo de secuenciar el genoma y realizar demás estudios genómicos del SARS-CoV-2.

Coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, el equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV-2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular.

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