Variantes del COVID-19 en Argentina. Julio 2021

Con el objetivo de estudiar las variantes circulantes del virus SARS-CoV-2 en el período comprendido entre el 01/04/21 y el 04/07/21, se realizó la secuenciación parcial del gen que codifica para la proteína Spike en un total de 965 muestras provenientes de la CABA, Gran Buenos Aires y Gran La Plata (n=414), provincia de Buenos Aires (n=143), provincia de Chaco (n=34), La Pampa (n=38), Neuquén (n=41), Córdoba (n=17) y Santa Fe (n=278). Todas las muestras estudiadas corresponden a individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros. En 110 casos se realizó la secuenciación completa del genoma del SARS-CoV-2.

Se identificó la variante Alpha (linaje B.1.1.7, Reino Unido) en 69 casos. De éstos, 10 corresponden a la CABA, 20 a GBA (16 de GBA Oeste, dos de GBA Sur y dos de Gran La Plata), 15 al interior de la PBA (tres de Alberti, tres de Bahía Blanca, uno de Bolívar, cinco de Chivilcoy, dos de Mercedes y uno de Tandil). En la provincia del Chaco, se identificó un caso de la localidad de General San Martín. En la provincia de La Pampa se identificaron dos casos de Santa Rosa. En la provincia de Neuquén, se identificó un caso de la localidad de Atreuco. En la provincia de Córdoba dos casos de la capital, y en la provincia de Santa Fe se identificaron 16 casos (seis de Rosario, dos de Santa Fe, uno de San Cristóbal, uno de Casilda, uno de Esperanza, uno de Funes, uno de Santo Tomé, uno de Gdor. Crespo, uno de Puerto Gral. San Martín y uno de Roldán).

Se identificó la variante Gamma (linaje P.1, Manaos) en un total de 601 casos. Setenta y nueve casos provienen de la CABA, 135 casos de GBA (cinco de GBA Norte, 57 de GBA Oeste, 35 de GBA Sur y 38 del Gran La Plata); y 72 del interior de la PBA (20 de Mercedes, 13 de Mar del Plata, ocho de Bolívar, siete de Suipacha, siete de Bahía Blanca, cinco de Chivilcoy, tres de Alberti, dos de Lobos, dos de Merlo, uno de Ayacucho, uno de General Rodríguez, uno de Pirovano, uno de Tandil, uno de San Antonio de Padua y uno de Urdampilleta). Además, 14 casos correspondieron a la provincia de Chaco (seis de Resistencia y un caso de cada una de las siguientes localidades: Basail, Corzuela, Las Breñas, Makallé, Presidente de La Plaza, Puerto Tirol, Samuhu y Santa Sylvina). En la provincia de La Pampa, se identificaron 30 casos, todos en la ciudad de Santa Rosa. En la provincia de Neuquén, se identificaron 30 casos (11 de Neuquén, dos de Zapala, dos de San Martín de los Andes, dos de Centenario, dos de Las Ovejas, dos de Plottier, y un caso de cada una de las siguientes localidades: Alluminé, Andacollo, Cutral Co, El Chocón, Picún Leufú, Rincón de los Sauces, Senillosa, Taquimilan y Villa la Angostura). En la provincia de Córdoba se identificaron nueve casos, ocho de la ciudad de Córdoba y uno de Jesús María. En la provincia de Santa Fe, se identificaron 224 casos (102 de Rosario, 15 de Cañada de Gómez, 11 de San Lorenzo, 11 de Funes, nueve de Puerto Gral. San Martín, ocho de Roldán, ocho de Santa Fe, doce de Rafaela, cuatro de Chabas, cuatro de Santo Tomé, tres de Villa Constitución, tres de Arequito, tres de Casilda, dos de cada una de las siguientes localidades: Carcarañá, Correa, Firmat, Capitán Bermúdez, Fray Luis Beltrán, Gral Baigorria, San Cristóbal y Esperanza; y uno de cada una de las siguientes localidades: Pueblo Esther, San Nicolás, San Justo, San Carlos, Cayastá, Felicia, Calchaquí, Arrufó, Vera, Reconquista, Cayastacito, Ceres, Humboldt, Venado Tuerto, y Villa Gdor. Gálvez).

Se identificó la variante Lambda (linaje C.37, Andina) en 261 casos. De éstos, 70 corresponden a la CABA, 80 a GBA (uno de GBA Norte, 31 de GBA Oeste, 37 de GBA Sur y 11 de Gran La Plata) y 48 al interior de la PBA (12 de Mercedes, 16 de Bahía Blanca, tres de Ayacucho, tres de Lobos, tres de Mar del Plata, cuatro de Chivilcoy, tres de Suipacha, dos de Alberti, uno de Bolívar, y uno de Tandil). En la provincia del Chaco, se identificaron tres casos (uno de Resistencia, uno de Gancedo y uno de Vilelas). En la provincia de Neuquén, se identificaron nueve casos (dos de Andacollo, dos de Neuquén, uno de Añelo, uno de Las Ovejas, uno de Plottier, uno de San Patricio del Chañar y uno de Zapala), en la provincia de La Pampa se identificaron seis casos de Santa Rosa; en la provincia de Córdoba se identificaron cinco casos de la ciudad capital, y en la provincia de Santa Fe se identificaron 33 casos (13 de Rosario, cinco de Santa Fe, tres de Funes, dos de Cañada de Gómez, dos de San Lorenzo y uno de cada una de las siguientes localidades: Casilda, Capitán Bermúdez, Fray Luis Beltrán, San Justo, Esperanza, Marcelino Escalada, Vera y un caso sin localidad definida).

Además, se realizó un muestreo dirigido a la población de personal de salud vacunada de la CABA y GBA (n=17) donde se detectaron dos casos de la variante Alpha, ocho casos de la variante Gamma y siete casos de la variante Lambda, siguiendo una distribución similar a la encontrada en la población general.

Sobre un total de 3203 muestras analizadas a través de la vigilancia activa por secuenciación de Spike o de genoma completo, las variantes más detectadas hasta el momento en nuestro país fueron la Gamma (linaje P.1, Manaos) en 1000 casos, seguida de la Lambda (linaje C.37, Andina) en 673 casos y la variante Alpha en 266 casos.

Hasta el momento, no se detectaron la variante Beta (linaje B.1.351, Sudáfrica), ni la Delta (linaje B.1.617.2, India) en casos de individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros.

el informe completo en https://bit.ly/2UKrmjI