Variantes del COVID-19 en Argentina. Junio 2021

Se realizó la secuenciación parcial del gen que codifica para la proteína Spike de SARS-CoV-2 en 341 muestras y la secuenciación del genoma completo en 48 muestras obtenidas de individuos residentes en CABA, PBA, Neuquén, Entre Ríos, Córdoba y Santa Fe. Esto fue realizado por el Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2, a través de los nodos de secuenciación del Laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez (HNRG, CABA), del Laboratorio UGB-INTA (Castelar, PBA), del Laboratorio Central de la ciudad de Córdoba, del Laboratorio Central de Neuquén, del Laboratorio del IDICaL del INTA-CONICET (Rafaela, Pcia. de Santa Fe) y del Laboratorio del IPAVE-CIAP-INTA (Pcia. de Córdoba).

Se identificó la variante Alpha (B.1.1.7, Reino Unido) en 45 casos. De estos, nueve corresponden a CABA, 16 a GBA (cuatro de GBA Norte y 12 de GBA Oeste), cuatro al interior de la PBA y dos casos de AMBA sin origen definido. Además, nueve casos correspondieron a la provincia de Entre Ríos, un caso de la provincia de Neuquén y cuatro casos a la provincia de Santa Fe. Con la excepción del caso de Neuquén, los casos corresponden a individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros.

Se identificó la variante Gamma (P.1, Manaos) en un total de 181 casos. De estos, 51 casos provienen de CABA, 52 casos de GBA (nueve de GBA Norte, 17 de GBA Oeste y 26 de GBA Sur) y 12 del interior de la PBA. Además, 13 casos correspondieron a la provincia de Entre Ríos, 24 casos a la provincia de Neuquén, 14 casos a la provincia de Santa Fe y 13 casos a la provincia de Córdoba. Todos estos casos corresponderían a infecciones de individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros. En la provincia de Córdoba se detectaron dos casos en individuos con antecedente de viaje a Paraguay y Brasil.

Se identificó la combinación de mutaciones compatibles con el linaje C.37 o “variante Andina” (S_L452Q, S_F490S y el cambio nucleotídico sinónimo c2169t) en un total de 127 casos. De estos, 50 casos provienen de CABA, 56 casos de GBA (cinco de GBA Norte, 19 de GBA Oeste y 32 de GBA Sur), cuatro del interior de la PBA. Además, dos casos correspondieron a la provincia de Entre Ríos, seis casos a la provincia de Neuquén y siete casos a la provincia de Córdoba. Todos estos casos corresponderían a infecciones de individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros, con la excepción de dos casos de la provincia de Córdoba que presentaron antecedente de viaje a México y República Dominicana.

No se detectó la combinación de mutaciones característica de la variante Beta (B.1.351, Sudáfrica) ni de la Delta (B.1.617.2, India).

Es muy importante destacar que se ha observado un aumento en la frecuencia de detección de las variantes Gamma (P.1, Manaos) y del linaje C.37 (Andina) y una estabilización en la frecuencia de la variante Alpha, (B.1.1.7, Reino Unido) en el AMBA durante las últimas semanas epidemiológicas en casos sin nexo epidemiológico con turismo al exterior.

Así, en las SE16-19 la variante Gamma (P.1, Manaos) alcanzó frecuencias superiores al 35% en la CABA y al 27% en el GBA, y el linaje C.37 (Andina) presentó frecuencias superiores al 42% en la CABA y 32% en el GBA. En cuanto a la variante Alpha (B.1.1.7, Reino Unido), disminuyó su frecuencia a menos del 10% en la CABA y del 15% en el GBA. Asimismo, en ese período, menos del 6% (CABA) y del 5% (GBA) de los casos analizados pertenecieron a las otras variantes o presentaron mutaciones de interés.

En conjunto, más del 95% del SARS-CoV-2 que circuló en el AMBA posee mutaciones en la región que codifica para la proteína Spike que lo diferencia de los virus que circularon en la primera ola.

Hasta el momento, sobre un total de 2238 muestras analizadas a través de la vigilancia activa por secuenciación de Spike o de genoma completo, las variantes más detectadas fueron el linaje C.37 (variante Andina) en 412 casos y la variante Gamma (P.1, Manaos) en 398 casos, especialmente en las últimas SE analizadas.

El proyecto PAIS considera que el linaje C.37 (variante Andina) debería ser considerado al menos, VARIANTE DE INTERÉS REGIONAL, dado el incremento sostenido de su frecuencia de detección en la región del AMBA en las últimas semanas epidemiológicas como se ha observado también en países de la región como Perú y Chile.

Nuevas formas de denominar las variantes de interés y de preocupación
El 31 de mayo de 2021, la Organización Mundial de la Salud (WHO, World Health Organization) anunció nuevas formas de llamar a las variantes de interés (VOI) y variantes de preocupación (VOC) para facilitar la comunicación pública sobre las variantes del SARS-CoV-2. Entre las razones se incluyen la existencia de diferentes nomenclaturas genómicas difíciles de comunicar debido a su complejización y la potencial estigmatización a las etiquetas asignadas a países o áreas de detección. Es por esto, que se le asignaron a los VOI y VOC nuevas etiquetas basadas en el alfabeto griego para denominarlas mundialmente

Participaron en este reporte
Nodo secuenciación HNRG, Nodo secuenciación y análisis UGB-INTA Castelar (Hurlingham, PBA), Nodo de secuenciación de Córdoba, Nodo de secuenciación del IDICaL (Instituto de Investigaciones en la Cadena Láctea) del INTA-CONICET de Rafaela (Provincia de Santa Fe), Nodo de secuenciación Neuquén: Laboratorio Central de Neuquén (Ministerio de Salud) (Provincia de Neuquén), Nodo de secuenciación Laboratorio Central de Córdoba (Ministerio de Salud, provincia de Córdoba), Instituto de Virología “Dr.J.M.Vanella” Facultad de Ciencias Médicas, Universidad Nacional de Córdoba (provincia de Córdoba), Nodo evolución.

Nodos de toma y procesamiento de muestras clínicas: Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez (CABA), UFU Hospital Rivadavia (CABA), Laboratorio de Biología Molecular, Hospital Cosme Argerich (CABA), Laboratorio de Hospital El Cruce Dr. Néstor C. Kirchner y Centro de Medicina Traslacional CEMET (Florencio Varela, provincia de Buenos Aires), Laboratorio de Virología Molecular – Hospital Blas L. Dubarry (Mercedes, PBA) Departamento de Ciencias Básicas – Universidad Nacional de Luján (provincia de Buenos Aires), Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID- Universidad Nacional de Hurlingham (Hurlingham, BA), Centro de Investigaciones Básicas y Aplicadas, UNNOBA (Junín, provincia de Buenos Aires), Laboratorio de Virología del Hospital JJ Urquiza (Concepción del Uruguay, Entre Ríos), Laboratorio Central (Santa Fe; provincia de Santa Fe), Laboratorio Central de Neuquén, Ministerio de Salud (Neuquén, provincia de Neuquén), Laboratorio Central, Ministerio de Salud de la provincia de Córdoba, Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella” Facultad de Ciencias Médicas - Universidad Nacional de Córdoba, COE COVID -Epidemiología, Ciudad de Buenos Aires, Laboratorio de Biología Molecular Hospital Pedro de Elizalde (CABA).

Proyecto PAIS
Creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, el Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS) está conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones con el objetivo de secuenciar el genoma y realizar demás estudios genómicos del SARS-CoV-2.

Coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, el equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV-2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular.

el informe original en https://bit.ly/3xdYEFJ